Ich muss zugeben, dass ich da tatsächlich schon den Überblick verloren habe: Jede SQL-Server-Version benötigt eine andere .net-Runtime. Meistens kommt ja die richtige Version gleich mit, was aber vor Installationsproblemen nicht schützt.
Daher hat Microsoft nun eine Übersicht erstellt in der man die Unterschiede genau nachlesen kann: "KB2027770 – Understanding the .NET Framework requirements for various versions of SQL Server"